Kamis, 19 Januari 1967 sekolah ini didirikan dengan nama Sekolah Menengah Ekonomi Atas (SMEA) Kristen Tomohon dan berlokasi di kompleks Gereja Sion Tomohon. Memiliki 1 Jurusan Tata Niaga (Penjualan) dengan Kepala Sekolah Bapak Drs. N. Lumunon sampai tahun 1972.

Tahun 1972 - 1975 sekolah ini berpindah tempat di Kaaten. Jumlah Guru dan Siswa masih sangat minim dengan kepemimpinan Bapak Drs. Jantje K. Tumurang. Tahun 1975 - 1980 sekolah (SMEA) berpindah tempat di Gedung Pertemuan (Clubgebouw) Gereja Sion dan kemudian berpindah Kompleks Kantor Sinode yang sekarang SMA Binsus Tomohon dan sudah memiliki 2 Jurusan yaitu Tata Niaga dan Tata Buku (Akuntansi) dengan Kepala Sekolah Ny. Ch. Windah - Tulung, BA. Selanjutnya di Tahun 1980 Bapak Drs. George Napoleon Wajong dan tahun 1985 Bapak Pdt A. Turangan, S.Th sampai tahun 1986.

Tahun 1986 - 1991 Bapak Alexander Lengkong, BA sebagai Kepala Sekolah dan kemudian diganti oleh Bapak Drs. Karel S. Posumah sampai tahun 1995. Berhubung Sekolah Pendidikan Guru (SPG) satu kompleks dengan SMEA dan ketika SPG ditutup maka ruang belajar dan fasilitas digunakan oleh SMEA tahun 1995, dengan kepala sekolah Bapak Drs. Jootje Tumbelaka Tahun 1995 - 1999. Kemudian Drs. Hermes J. Sekoh, M.Si sebagai Kepala Sekolah Tahun 2000 - 2007, nomenklatur sekolah ini yang awalnya SMEA Kristen Tomohon berganti nama menjadi SMK (Sekolah Menengah Kejuruan) Kristen 2 Tomohon.

Pada Tahun 2000, Jurusan Teknik Komputer dan Jaringan (TKJ) dibentuk. Dengan jumlah siswa semakin meningkat. Pada Tahun 2007, Bapak Drs. Hermes J. Sekoh, M.Si digantikan oleh Bapak Drs. Hendrik Wajong yang hanya menjabat 1 Semester karena beliau Meninggal Dunia, kemudian diganti oleh Bapak Jacob Sondakh Polii, BA Desember 2007 - November 2010. Kemudian dilanjutkan oleh Kepala Sekolah Ibu Dra. Grace I. M. Sumarauw, M.Si, dengan masa jabatan 10 Bulan. Kemudian September 2011 - September 2017 Kepala Sekolah Ibu Altje S. Liuw, M,Pd. Kemudian September 2017 - Sekarang Kepala SekolahBapak Drs. Novrie Sumampouw dengan nama SMKS Kristen 2 Tomohon. SMKS KRISTEN 2 TOMOHON berdasarkan SK Dirjen Pendidikan Vokasi Nomor : 7247/D2.6/TU/2020 menetapkan SMKS Kristen 2 Tomohon sebagai SMK Center Of Excellence (COE). Tahun 2021 SK Dirjen Pendidikan Vokasi Nomor : 22/D/O/2021 tentang Penetapan Sekolah Menengah Kejuruan Pelaksana Program SMK Pusat Keunggulan. Pada Tahun 2022 berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Vokasi Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi Nomor 28 / D / O/ 2022 Tanggal 04 April 2022 tentang Penetapan Sekolah Menengah Kejuruan Pelaksana Program Sekolah Menengah Kejuruan Pusat Keunggulan Tahun 2022 Skema Lanjutan Tahap 1.Tahun 2022 Jumlah Tenaga Pendidik 46 orang yang berkualifikasi D3, S.1, S.2 kompeten dan profesional dalam pembelajaran dan penggunaan platform teknologi digital , serta 8 orang Tenaga Kependidikan. Jumlah siswa tahun pelajaran 2022/2023 adalah 761 orang. Dalam pelaksanaan pembelajaran berbasis proyek riil SMKS KRISTEN 2 TOMOHON PUSAT KEUNGGULAN dengan Struktur Kurikulum Operasional Satuan Pendidikan memiliki 8 (Delapan) Program Keahlian:

1. Teknik Jaringan Komputer dan Telekomunikasi (TJKT)
2. Layanan Kesehatan (LK)
3. Teknologi Farmasi (TF)
4. Pemasaran (P)
5. Manajemen Perkantoran dan Layanan Bisnis (MPLB)
6. Akuntansi dan Keuangan Lembaga (AKL)
7. Usaha Layanan Pariwisata (ULP)
8. Pengembangan Perangkat Lunak dan Gim (PPLG)

Sosial dan Budaya Lingkungan Sekolah adalah mayoritas siswa dengan ekonomi menengah dan berasal dari lingkungan masyarakat pegawai, petani, buruh, dan pekerja di sektor swasta lainnya, Untuk karakteristik Mayoritas tenaga pendidik dan tenaga kependidikan berasal atau sudah lama tinggal di daerah kota Tomohon dan sekitarnya.

SMKS KRISTEN 2 TOMOHON memiliki dan membiasakan budaya kerja, disiplin waktu, tertib beribadah, 5 S (Senyum, Salam, Sapa, Sopan, Santun) serta kepedulian sosial pada seluruh warga Sekolah.